Nació en Ohian, Silesia (Alemania) y vino a la Argentina en octubre de 1893. En su país natal dedicó los años de su juventud a la agricultura. Allí se encontró con su primo Hermann Eberhardt, capitán de la marina mercante alemana, del cual nos hemos ocupado anteriormente, y que había ido a Alemania con el objeto de visitar su patria. Eberhardt convenció a von Heinz para que fuese a la Patagonia, halagándolo con el proyecto de una expedición al Seno de Ultima Esperanza y tierras adyacentes, cuyas bellezas y atractivos ponderó con entusiasmo capaz de conmover al más indiferente.

Poco tiempo después don Ernesto von Heinz abandonaba su patria para dirigirse directamente a Bahía Isthens, en el canal Smith. Allí se encontró con Eberhardt y en una lancha a vapor que éste había traído de Europa, iniciaron la serie de sus audaces e interesantes excursiones.

En una de ellas que realizaban por el Seno de Ultima Esperanza encontraron la célebre cueva del Mylodón ubicada en jurisdicción chilena, y dentro de ella, casi enterrado en el suelo, hallaron el cuero de ese animal prehistórico, con el cual el señor von Heinz obsequió al capitán de fragata Mascarello, que en ese entonces era comandante del aviso "Azopardo".

Algún tiempo después del hallazgo, llegó a dicho lugar una comisión compuesta por el célebre explorador Nordenskjold y algunas personas más y otra enviada por el Museo de La Plata que dirigía el doctor Hautchal. Estas comisiones después de hacer excavaciones en el sitio en que se había encontrado el cuero, descubrieron los huesos del animal a que pertenecían, constatando que se trataba de un ejemplar de la especie denominada Crypotherium.

En el año 1897, el señor von Heinz, pobló un campo cerca de "Rospentek" que es el que hoy pertenece a las estancias "La Fermina" y "Punta Alta".

Posteriormente, hizo lo mismo en Palique, en sociedad con don Rodolfo Stubenrauch; pero en 1906 vendieron su establecimiento a la Sociedad Explotadora de Tierra del Fuego, trasladándose entonces a los campos que hoy ocupa la estancia "Tapi Aike".